至此，大明损失其拼凑出来的十三万精锐边军，也损失了全国机动兵力的七成、并失去战马四万匹、火炮千余门。
辽东防线一时间仅余宁远、山海关两座孤城，再也无力组织大规模反攻。
同时也宣告关宁锦防线的彻底崩溃，清军完全控制锦州至宁远的关外地区，打开了通往山海关的门户。
宁远一座孤城，吴三桂的残部成为大明在关外的“孤棋”。
四月，驻守鸭绿江的杨凡察觉清军并无南攻迹象，便解除临战状态，恢复战前防线，率部分班师回到平壤。
于此同时，中原消息陆续传来，称崇祯十五年二月，襄阳陷落后，张献忠沿汉江顺流而下直扑荆州。
荆州乃长江中游重镇，控制荆州即可切断明朝长江航运补给线，威胁武昌、南直隶。
张献忠主力登陆后，迅速包围荆州城，以“火攻+云梯”猛攻西门，官军守将陈之凤贪生怕死，未作顽强抵抗，仅三日便献城投降。
张献忠占领荆州后，留部将张可望驻守，同时分兵攻略夷陵、枝江、松滋等沿江县城，形成“以襄阳、荆州为核心的江汉据点群”，切断大明从长江上游至中游的物资转运通道。
张献忠占据襄、荆后，朝廷被迫从中原抽调部分兵力回防湖广，导致李自成在河南更加肆无忌惮。
崇祯十四年四月，李自成第三次围攻开封。
四月下旬朝廷急令督师丁启睿、保定总督杨文岳、总兵左良玉、虎大威等率军驰援开封，各路明军集结后共18万人，号称40万，从不同方向向开封推进。
而此时的中原明军，一流精锐都被调去跟着洪承畴打清军了，导致除了这几部兵马后，其余十余万几乎都是乌合之众。
五月初，明军主力抵达开封西南四十五里的朱仙镇，扎营列阵，与围城的流寇军形成对峙。
李自成察觉明军动向，留部分兵力继续围开封，亲率主力移师朱仙镇，准备迎战。
五月初十至十三日，流寇完成部署，李自成在朱仙镇西南的洧水沿岸设伏，同时派军截断明军粮道，并挖掘壕沟、修筑壁垒，将明军包围在朱仙镇一带。
清晨明军发起进攻，左良玉部作为主力冲击闯营阵脚，但被闯营顽强阻击，未能突破。
午后李自成下令发起反击，同时引动明军阵前的伏兵，导致明军阵型大乱，左良玉因与丁启睿矛盾激化，且担心粮草断绝，于是率部擅自突围西逃。
左良玉部溃逃导致明军全线崩盘，引发连锁反应，明军立刻全线溃散，士兵争相奔逃，自相践踏，死伤惨重。
闯营分路追击溃败的明军，追奔四百里，左良玉部损失惨重，仅率少量残兵逃往襄阳。
丁启睿等将领溃散，明军粮草、器械全部被流寇缴获。
闯营结束追击后返回开封城下，继续围攻开封。
朱仙镇战场残留明军尸体数万，成为官军流寇战役中，官军最为惨烈的溃败，而虎大威与杨文岳仅率残部退守汝宁。
崇祯十五年七月，李自成立刻集中主力围攻汝宁，退守此城的杨文岳、虎大威率领军死守。
城破后的巷战中，虎大威被炮铳击中，胸骨尽碎，临终前仍喝令士卒：“填尸为垒，不得退半步！”随后壮烈殉国。
朱仙镇溃败后，开封成为孤城。
几月后，当远在朝鲜的杨凡收到虎大威死讯，当晚彻夜未眠，起夜长叹不止。
而就在这个夜晚，他逐渐坚定了自己的想法。
流寇是剿不完的，剿一波复起一波，往来无穷尽。
正所谓病吃药，大病手术，根坏则需破而后立。
……
崇祯十五年九月。
李自成围攻开封近久攻不下，遂掘开黄河大堤，导致开封城毁，数十万百姓溺亡。
崇祯十五年九月水淹开封后，李自成部虽因水患暂退，但河南战局已彻底崩坏。
期间，孙传庭自上任三边总督、陕西总督后为了招兵买马，他只得打陕西乡绅的主意，陆续开始在陕西“劝捐”大户。
可地方豪族士绅舍不得自己那点银子，到处谣传孙传庭按兵不动是故意养寇自重。
无数言论通过根系文官层层上传，最终在朝堂之上形成规模，崇祯下手敕催促孙传庭出战。
孙传庭一边被催，一边抓紧时间试图大规模装备鸟铳，并操练，以此模仿杨凡训练军队，
但耐不住数道圣旨催促，于是孙传庭正式率新练秦军五万人出潼关，试图先收复河南、牵制李自成。
此番孙传庭所练出来的秦军，有用杨凡支援的铁甲所构建的标营，还有穷极所有，装备出来的大比例火铳手。
可谓重步兵加火铳手，火力强劲。
但其短板却是练兵秦军仅半年，士兵缺乏实战经验，且手上财政枯竭，军饷、粮草筹措不足，只能携带一月口粮便仓促出关。
孙传庭出关后率军沿灵宝、洛阳一线东进，十月初抵郏县，遭遇李自成部主力约八万人阻击。
明军与李自成部在郏县西南的冢头镇遭遇。
初战，孙传庭以牛成虎部诱敌，明军伏兵突袭，斩杀起流寇千余人，李自成率部东撤。
明军又追击至柿园村，发现李自成大营空无一人，误以为敌军溃散，遂松懈戒备。
此时降大雨，连续七日不止，火铳不能用，明军缺粮，士兵只能采摘田间未成熟的青柿充饥，饥卒皆啖青柿，多腹痛不能战。
李自成抓住战机，亲率主力回师，并联合罗汝才部从侧翼夹击，明军因饥饿与泥泞无法抵抗，火绳湿润无法击发，全线溃败。
其新兵率先溃散，很快带动全军奔逃，孙传庭亲自督军弹压，斩杀数名逃兵仍无法遏制。
秦军自相践踏，死伤逾万，兵器、粮草尽数丢弃，孙传庭仅率数千残兵退回潼关。
此战后，明军最后一支能战的机动兵力惨败，河南彻底沦为李自成势力范围，孙传庭威望尽失，陕西防务也因兵力空虚陷入被动。